人体的免疫系统就像一支精良的军队，能够识别和攻击外来入侵者(如细菌、病毒等。)并保持身体健康。在识别的过程中，需要一种特殊的标签来帮助免疫系统区别于其他系统，以其的组织和器官不被破坏。这个标签是人类的主要组织相容性抗原，因为直接关系到器官移植的成败，所以也叫移植抗原。抗原移植存在个体差异，即使是同一父母所生的兄弟姐妹之间，也只有1/4的概率是相同的。当外来器官移植到患者体内时，由于移植器官表达的移植抗原与患者不同，免疫系统会将其视为对人体有害的异物，从而发起猛烈攻击，从而产生各种排斥反应，严重的会导致移植器官功能丧失。此外，即使移植器官的移植抗原与患者相同，仍有一些次要的组织相容性抗原会引起不同程度的排斥反应。因此，移植前需要综合分析患者和移植器官的组织相容性抗原，尽可能选择与患者匹配度高的移植器官，以减少排斥反应的发生。
临床上大多数移植后患者长期服用抗排斥药物，削弱了免疫系统对移植器官的攻击，延长了移植器官的存活时间。但即便如此，拒绝也不能避免。长期排斥反应导致的慢性移植物功能障碍仍是困扰世界各国医生的难题之一。值得一提的是，并不是所有的器官移植都一定会有排斥反应，角膜移植更不容易出现排斥反应。这是因为角膜不含血管，属于免疫免疫器官，是迄今为止的器官移植类型。
